ภายในวิหารเป็นที่ประดิษฐานพระพุทธมงคลศักดิ์สิทธิ์ ซึ่งเป็นพระพุทธรูปคู่บ้านคู่เมืองอุทัยธานี

ตั้งอยู่ถนนท่าช้าง ตำบลน้ำซึม บริเวณเชิงเขาสะแกกรัง ภายในวิหารประดิษฐานพระพุทธมงคลศักดิ์สิทธิ์ เป็นพระพุทธรูปคู่บ้านคู่เมืองอุทัยธานี มีประวัติว่าในสมัยพระบาทสมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกมหาราช (รัชกาลที่ 1) โปรดเกล้าฯ ให้นำพระพุทธรูปขนาดย่อมที่ชำรุดไปไว้ตามหัวเมืองต่าง ๆ เมืองอุทัยธานีได้รับ 3 องค์ โดยอัญเชิญลงแพมาขึ้นฝั่งที่ท่าพระ (ตรงข้ามศาลาประชาคมจังหวัดอุทัยธานี) แล้วนำมาประดิษฐานไว้ที่วัดขวิด พระพุทธรูปองค์หนึ่งมีขนาดใหญ่เป็นพระเนื้อสัมฤทธิ์ปางมารวิชัย หน้าตักกว้าง 3 ศอก สร้างในสมัยพระยาลิไท ฝีมือช่างสุโขทัย มีส่วนเศียรกับส่วนองค์พระเป็นคนละองค์ ต่อมาเมื่อยุบวัดขวิดไปรวมกับวัดทุ่งแก้ว จึงได้ย้ายพระพุทธรูปองค์นี้ไปไว้ที่วัดสังกัสรัตนคีรี และได้ทำพิธีบรรจุพระบรมสารีริกธาตุไว้ในพระเศียรพร้อมกับถวายนามว่า “พระพุทธมงคลศักดิ์สิทธิ์” จากบริเวณลานวัดสังกัสรัตนคีรี มีบันไดขึ้นจำนวน 449 ขั้นไปสู่ยอดเขาสะแกกรัง เป็นที่ตั้งของมณฑปประดิษฐานรอยพระพุทธบาทจำลอง ซึ่งย้ายมาจากวัดจันทาราม สร้างเมื่อ พ.ศ. 2448 ด้านหน้ามีระฆังใบใหญ่ที่พระปลัดใจและชาวอุทัยธานีร่วมกันสร้างเมื่อ พ.ศ. 2443 ถือกันว่าเป็นระฆังศักดิ์สิทธิ์ ใกล้กับมณฑปบนยอดเขาสะแกกรังมีพระราชานุสาวรีย์สมเด็จพระปฐมบรมมหาชนกนาถ แห่งรัชกาลที่ 1 ซึ่งมีพระนามเดิมว่านายทองดี รับราชการตำแหน่งพระอักษรสุนทรศาสตร์ เสมียนตรากรมมหาดไทย และต่อมาในสมัยกรุงศรีอยุธยาเป็นเจ้าพระยาจักรีศรีองครักษ์ ครั้นในสมัยกรุงรัตนโกสินทร์ สมเด็จพระพุทธยอดฟ้าจุฬาโลกปฐมกษัตริย์แห่งราชวงศ์จักรี (พระนามเดิมนายทองด้วง) ได้สถาปนาพระอัฐิพระบิดาเป็นสมเด็จพระชนกาธิบดี เมื่อปี พ.ศ. 2338 จากบนยอดเขาสามารถมองเห็นทิวทัศน์เมืองอุทัยธานีได้กว้างขวาง นอกจากนี้ยังมีพิธีถวายสักการะพระราชานุสาวรีย์แห่งนี้ ในวันที่ 6 เมษายน ของทุกปี ซึ่งตรงกับช่วงที่ดอกสุพรรณิการ์หรือฝ้ายคำ ดอกไม้ประจำจังหวัดอุทัยธานีบานสะพรั่งอยู่ทั่วไปบนเขาสะแกกรัง